重庆大学热能与动力工程系起源于20世纪30年代兴办的机械系动力科，承担本科、研究生的教学任务以及硕士、博士的培养任务。热能与动力工程系目前有专任教师33人，其中教授14人，副教授12人，讲师7人，杰出青年基金获得者1人，教育部新世纪人才2人，国务院特殊津贴专家2人。
近年来，热能与动力工程系通过建设结合实践的理论课程，同步跟踪能源动力领域先进技术，改革专业核心课程教学，优化了理论教学体系；通过增加综合性实验实践教学，充分发挥国家级虚拟仿真实验教学中心及绿色能源岛作用，强化了实践教学体系；通过课外科技活动，自主专业实习实践，产学研合作，构建了开放式的社会实践体系，获重庆市教学成果奖3项。有力支撑了能源与动力工程专业获批国家级一流本科专业，《燃烧学》获批一流本科课程。教师研究方向包括先进能源系统、传热传质强化、高效清洁燃烧、制冷及低温工程、热能利用与节能技术等。近年来，热能与动力工程系教师先后承担了包括国家重点研发计划、国家自然科学基金重点项目等在内的国家级、省部级和大型企业研发项目上百项，获得国家科技进步二等奖和教育部科技进步一等奖在内的国家级省部级奖10余项。
重庆大学核工程与核技术系起源于20世纪50年代兴办的工程物理系。2006年教育部批准重庆大学重建核工程与核技术专业，2007年开始单独招生，2016年开始能源动力类大类专业招生，2021年开始执行工程能源类大类专业招生，第一年学习结束后按照学生志愿和综合考核进行专业分流。2011核工程与核技术专业所在学科核科学与技术年获批重庆市一级重点学科和一级硕士学位授权点，包含核能科学与工程、核技术及应用、核燃料循环与材料、辐射防护及环境保护四个二级学科，相关工程热物理学科是国家二级重点学科。2018年核科学与技术学位授权点合并至动力工程及工程热物理学位授权点，主要招生方向包括核反应堆热工水力学、气液两相流及沸腾换热、核技术及应用、核辐射探测及电子学等。2019年核工程与核技术获批重庆市一流专业。
核工程与核技术是多学科交叉的高新技术专业，主要包括核动力工程与核能利用、核技术及应用等两大分支。本校的核工程与核技术专业培养涵盖以上两个方面的内容。学科现有核工程与核技术专业实验室、反应堆热工水力研究室、核动力仿真研究室、核电子学研究室、反应堆材料及燃料循环研究室等研究机构；此外还拥有与本学科相关的热动类专业创新实验室、热工重庆市重点实验室和国家级能源与动力电气虚拟仿真实验中心。目前的研究方向包括核反应堆热工水力学、先进核动力系统及核技术、核辐射探测、辐照新方法、技术及应用、燃料循环及反应堆工程材料、核动力系统安全学等。核能工程系现有教学和科研人员50余人，有6000平方米的集中实验用房和总价值5600余万元的仪器设备。核工程与核技术专业依托动力工程及工程热物理一级学科博士点、工程热物理国家重点学科、核科学与技术重庆市一级重点学科和硕士授权点，基于低品位能源利用技术及系统教育部重点实验室、能源与动力电气虚拟仿真实验教学中心、热动类专业创新实验室等平台进行人才培养，与包括中广核、中国核动力研究设计院、中科院近代物理研究所等在内的大型企事业单位共建实验室并开展本科、研究生联合培养工作和人才培训工作，与数十家企业合作建立的实习实践基地，构建起了满足国家和社会需求的能源动力大类专业教育体系，培养了一大批核工程与核技术领域高素质的创新型复合人才。